Historia nadal rozwija się w Star Trek : Alien Domain Incursion, gdzie będziesz po drugiej stronie Bajorańskiego Robalhole, w Kwadrancie Gamma. Dołącz do Zjednoczonej Federacji Planet lub do Domeny. Obie strony muszą nie tylko stanąć twarzą w twarz, ale także przygotować się do zmierzenia się z siłami 8472 z Fluidic Space. Ta misja charakteryzuje się konkurencyjnym środowiskiem multiplayer, pozwalającym na codzienne realizowanie strategii przeciwko SI i innym przeciwnikom.