Metal Sonic Rebooted to hack Sonic the Hedgehog 2, który wprowadza wiele nowych konstrukcji, mechaniki, muzyki i funkcji, które budują unikalne i różnorodne doświadczenia. Historia głosi, że Doktor Robotnik zbudował armię Badniksów w poszukiwaniu Szmaragdów Chaosu, a do Metal Sonic'a należy znalezienie tych szmaragdów, zanim jego wrogowie zniszczą wszystko i przejmą władzę. Czy uda ci się osiągnąć swoje cele i zebrać wystarczająco dużo monet, aby przywrócić pokój?