Metal Slug 3 został wydany na konsolę Neo-Geo 1 czerwca 2000 roku z wielkim sukcesem. Teraz możesz odtworzyć pełną wersję z przeglądarki. Ta trzecia rata zawiera nowe postacie, a także broń i pojazdy. Dodaje się też nowych wrogów, na przykład trzeba walczyć z zombie, olbrzymimi mięczakami i owadami, terrorystami itp.
Rebelia prowadzona przez generała Mordena na rzecz nowego światowego reżimu należy już do przeszłości, a porządek i pokój zaczęły powracać na świat. Morden, ponownie będący u władzy, próbuje dokonać kolejnego zamachu stanu, ale siły rządowe planowały taki akt i spodziewają się nadchodzącego ataku.