Yandere Simulator wystawia uczennicę o imieniu Yandere-Chan. Yandere jest terminem, który obejmuje ludzi, którzy są pozornie kochający i delikatni, ale w pewnych okolicznościach stają się bardzo agresywni. W szczególności bohaterowie ci zmieniają swoje osobowości, gdy ich oczekiwania miłosne nie są spełniane. Nasz Yandere-Chan zakochał się w koleżance z liceum, ale ona jest zbyt nieśmiała, by ujawnić mu swoje uczucia. Jaki będzie więc jej plan? Zbojkotować jego życie miłosne! Jeśli inny uczeń zbliży się do Senpai, Yandere-Chan sprawi, że zniknie z powierzchni ziemi na zawsze...