Historia gry skupia się na młodym bohaterze Link, który wyrusza na przygodę w królestwie Hyrule, aby powstrzymać Ganondorfa, króla plemienia Gerudo, zanim znajdzie Triforce, świętą relikwię zdolną spełnić każde życzenie jej posiadacza. Aby to zrobić, trzeba podróżować w czasie i zwiedzać różne świątynie, aby obudzić niektórych mędrców, którzy mają moc uwięzienia Ganondorfa na dobre. Czy uda ci się przywrócić pokój w królestwie Hyrule'a?